Den salige Benedikt XI het opprinnelig Niccolò Boccasino og var født i en beskjeden, men from familie i Treviso i 1240 som sønn av en notar. Han sluttet seg til dominikanerordenen i 1257, og etter studier, muligens i Milano 1262-68, ble han lektor i teologi i Venezia og Genova i mer enn ti år og skrev kommentarer til Salmene, Job, Matteus og Johannes' Åpenbaring. Han var ordensprovinsial i Lombardia i 1286-89 og 1293-96, og i mai 1296 ble han valgt til dominikanerordenens generalmagister, det vil si øverste leder. I den stillingen støttet han sterkt opp om Bonifatius VIIIs legitimitet, utfordret av Colonna-kardinalene og Fransiskanerspiritualene.
I takknemlighet for hans lojalitet utnevnte Bonifatius ham den 5. desember 1298 til kardinal av Sta Sabina, og den 2. mars 1300 til kardinalbiskop av Ostia. I 1297 hadde han vært med på fredsforhandlingene mellom England og Frankrike, og i 1301 sendte paven ham som legat til Bøhmen og Ungarn for å støtte kravene til Karl I Robert eller Carobert (1288-1342), barnebarn av Karl II av Napoli (1285-1309), på tronen. Selv om oppdraget ikke lyktes, hjalp Karls takknemlighet for denne tjenesten ham til å bli valgt til pave, for Karl okkuperte Roma under konklavet. Etter overfallet i Anagni var det Boccasino som samlet troppene og reddet Bonifatius, og han ble hos paven og fulgte ham tilbake til Roma.
Etter at Bonifatius VIII uventet døde den 12. oktober 1303, flammet striden mellom adelsslektene Orsini og Colonna igjen opp i Roma. Likevel kunne konklavet bli åpnet uten hindringer. Kravet fra de to Colonna-kardinalene Giacomo og Pietro om å få ta del i valget, ble avvist fordi de var ekskommunisert, selv om de franske utsendingene og den franske kansleren Nogaret ettertrykkelig støttet Colonna-partiet. Men Karl II av Napoli lyktes med sine soldater å avvise deres forsøk på å trenge inn i byen. Men dermed var det gitt mulighet til å gjøre pavevalgets gyldighet omstridt på grunn av manglende frihet.
Selv om det i kardinalkollegiet var to like sterke partier og man derfor kunne frykte et langt konklave, ble konklavet i Colonna-kardinalenes fravær dominert av kardinal Matteo Rosso Orsini. Allerede i første valgrunde kom det til en avgjørelse, og den 22. oktober 1303 ble kardinal Boccasino enstemmig valgt til ny pave. De bonifatianske kardinalene støttet ham som en forkjemper for den avdøde paven, som selv riktignok aldri var identifisert med Bonifatius' anti-franske politikk. Han ble innsatt i embetet og kronet den 27. oktober. Han kalte seg Benedikt XI etter Bonifatius, som opprinnelig het Benedetto.
Men motsetningene blant kardinalene var ikke overvunnet ved valget. Benedikt var vennlig og fredselskende, men svak, og mer tilbøyelig til å tilgi enn å kjempe. Men han var også svært from og lærd, og følte seg komfortabel bare blant dominikanerne. Han forsøkte å utjevne motsetningene i kardinalkollegiet og slo inn på en forsoningspolitikk overfor Frankrike. Landets sterke posisjon i Italia og de urolige forholdene i Kirkestaten gjorde at han vel knapt hadde noe annet valg.
Først tok paven seg av de to Colonna-kardinalene, som var utelukket fra valget og nå stemplet det som ugyldig. Dratt mellom stridende råd, valgte han den 23. desember 1303 å gi dem absolusjon og opphevet Bonifatius' ekskommunikasjon over dem og deres slektninger, men uten å gjeninnsette dem i embetene eller gi dem tilbake sine eiendommer. Mens dette kompromisset var mye mindre enn de hadde håpet, gjorde det deres bonifatianske fiender rasende. Kampene som fulgte i Roma, ble så voldsomme at paven fant det tryggest å flytte til Perugia i april 1304.
Benedikt viste stor fasthet mot Fredrik III av Sicilia (1296-1337), som motvillig var anerkjent av Bonifatius i 1303, men som nå trakk fordel av Den hellige Stols forlegenhet, og tvang ham i 1304 til å fornye sin troskap og betaling av skatter.
Benedikt prøvde forgjeves å skape fred i det splittede Firenze og Toscana, men han hadde mer hell med å forsone Venezia og Padova. Han hadde vennlige forbindelser med kong Stefan Urosh av Serbia, som på den tiden vokste til å bli den dominerende makten på Balkan. Selv om kong Stefan var villig til å tillate sine vestlige sør-slavere å forbli lojale mot Roma, tok han ikke noen skritt for å forene Serbia formelt med Den hellige Stol.
I motsetning til sin egenrådige forgjenger kunne Benedikt ikke gjøre noe uten sine kardinaler. De tre han selv utnevnte, var dominikanere, ettersom ordenen så å si var hans eneste støtte. Hans nidkjærhet for sin orden ledet ham også til å annullere Bonifatius' bulle Super cathedram av 18. februar 1301, som begrenset tiggerordenenes rett til å preke og høre skriftemål.
Han forfulgte også Fransiskanerspiritualene, og da han ble truende advart av Arnold av Villanova, Bonifatius' katalanske lege og selv en glødende spiritual, fengslet han ham uten rettssak.
Men det mest delikate spørsmålet gjaldt Filip IV den Smukke av Frankrike (1285-1314), Bonifatius' dødsfiende, som krevde et allment konsil for å fordømme den døde paven posthumt. Benedikt ønsket riktignok fred, men uten å gi avkall på sine prinsipper eller sin forgjengers ære. Siden han anså Filip som i realiteten ekskommunisert, ga han først kongen ikke formelt beskjed om sitt valg.
Men da kongens utsendinger kom til Roma i august 1304 med fullmakt til å gratulere paven og «akseptere» enhver absolusjon som kunne bli nødvendig, utstedte Benedikt den 25. mars en bulle som løste Filip og hans familie fra alle fordømmelser de hadde pådratt seg. Filip ble tiltalt som «kjære sønn» og hans ekskommunikasjon ble ikke engang nevnt. Denne betingelsesløse absolusjonen fikk ikke slutt på den franske kampanjen for et allment konsil, så i april og mai tilbakekalte Benedikt alle Bonifatius' straffetiltak som berørte enten Frankrike eller kongen, hans rådgivere og tjenestemenn. Det ble gitt tilgivelse til alle franskmenn som hadde vært involvert i ugjerningen mot Bonifatius i Anagni, bortsett fra dets anfører, kongens minister Guillaume de Nogaret (ca 1260-1313).
Bonifatius' bulle Clericis laicos fra 1296, som forbød fyrster å skattlegge sitt presteskap uten Romas tillatelse, ble nesten totalt trukket tilbake, og Filip ble bevilget kirketiende for to år.
Alle disse konsesjonene var bevis på Benedikts usikre stilling, men Frankrike var blitt beroliget, og trusselen om et allment konsil hadde for øyeblikket avtatt. Benedikt følte seg derfor den 7. juli seg i stand til å fordømme Nogaret og hans italienske medskyldige under ledelse av Sciarra Colonna som skyldige i helligbrøde ved deres forbrytelse i Anagni, og ga dem ordre om å møte for ham før 29. juni under trussel om ekskommunikasjon.
Men pavens alvorlige sykdom hindret gjennomføringen av denne trusselen. Benedikt ble rammet av akutt dysenteri den 22. juni, og den 7. juli 1304 døde han plutselig i Perugia etter et pontifikat på bare åtte og en halv måned. Moderne forskere mener at han døde en naturlig død, og ikke, som det ofte ble påstått, etter å ha spist en forgiftet fiken, en frukt han var særlig glad i. Filip den Smukke ble mistenkt for å stå bak dødsfallet.
Benedikt ble gravlagt i S. Domenico i Perugia, og det ble snart meldt om mirakuløse helbredelser ved hans grav. Han ble saligkåret av Klemens XII i 1736. Hans minnedag er 7. juli.
Hans arbeid for å forsone Den hellige Stol med Frankrike gjorde at hans etterfølger Klemens V skulle komme i sterk avhengighet av Frankrike.