Den hellige Ignatius het opprinnelig Niketas og ble født ca 799 i Konstantinopel som yngste sønn av den bysantinske keiseren Mikael I Rangabe (811-13). Hans mor var datter av en annen keiser: Nikeforos I (802-11). Da hans far ble avsatt i 813 av keiser Leo V Armeneren (813-20), ble han og hans bror lemlestet og stengt inne i et kloster. Niketas ble munk og endret sitt navn til Ignatius. Han ble deretter presteviet, og senere ble han valgt til abbed i klosteret. I 846 ble han patriark av Konstantinopel.
Ignatius sto fast mot intriger og korrupsjon til og med på høyeste nivå. Han var temmelig eneveldig av natur, og i sin iver etter å reformere Kirken fikk han mange fiender. Han avsatte en erkebiskop, men mislyktes i å få Romas støtte til sine handlinger, og fant snart at det dannet seg et anti-ignatiansk parti ved hoffet.
Den unge keiser Mikael III Methystes («Drukkenbolten») (846-67) hadde ført et vilt og omtumlet liv, og da han ble voksen, overlot han regjeringsoppgavene til sin onkel Bardas. Regenten støttet tidens største humanist, Fotios, som han gjorde til sin kansellisjef (statssekretær).
Men Ignatius nektet i 857 offentlig kommunion til regenten Bardas Caesar på grunn av hans allment antatte incestiøse forhold. Bardas overtalte deretter keiseren til å forvise Ignatius fra patriarkstolen mot slutten av 858. Ignatius synes å ha abdisert fra sitt sete, selv om detaljene er uklare, og det kan ha vært ment som et midlertidig tiltak. Han ble i alle fall forvist til øya Terebinthos. I stedet ble den lærde og beryktede Fotios (858-67; 878-86), som ennå var legmann, innsatt.
Den nye patriarken ble konsekrert av den samme biskopen Ignatius hadde avsatt noen år før. Fotios var på mange måter den ideelle kandidat: svært lærd, from og dyktig som administrator. Imidlertid ble han brukt av hoffpartiet ikke bare for å bli kvitt Ignatius, men for å sikre deres kontroll over Kirken, og spesielt for å svekke rigoristene som ville at Kirken skulle være helt uavhengig av staten.
Dette var begynnelsen på det såkalte «Fotianske» skisma mellom Konstantinopel og Roma. Tradisjonelt har dette blitt sett på i vesten som et forsøk fra patriarkens side på å oppnå full uavhengighet fra paven, men det er riktigere å se det som en indre maktkamp innen den østlige Kirken.
Skuffede tilhengere av Ignatius angrep Fotios fordi han skulle ha fått sitt embete på ulovlig vis, og både han og keiseren ba den hellige pave Nikolas I (858-67) om å sende legater til Konstantinopel. På en synode i Konstantinopel i 861 gikk legatene ut over sine fullmakter og anerkjente uttrykkelig Fotios som rettmessig patriark, til gjengjeld aksepterte østkirken pavens appellmyndighet, uten å oppgi sitt selvstyre i ordinære kirkesaker. Men paven ble ensidig informert av abbed Theognostos, en bitter motstander av Fotios som hadde flyktet til Roma for å gi sin versjon av saken. Så Nikolas overprøvde sine legater, avsatte dem og ekskommuniserte Fotios på en synode i Lateranet i august 863 og gjeninnsatte Ignatius i sine patriarkrettigheter. Han meddelte dette til patriarken og keiseren. Da keiseren rasende protesterte, sendte Nikolas ham den 28. september 865 en bitende irettesettelse, forsvarte sine handlinger og forklarte i detalj Den hellige Stols evige rettigheter.
Striden gikk så langt at keiser Mikael III innkalte en synode i august/september 867. Vestkirken ble bebreidet for avvik på det disiplinære området, for eksempel fordi de stilte seg negativ til presters ekteskap og familieliv, brukte usyret brød i stedet for surt brød ved nattverden, tillot instrumental musikk ved gudstjenesten og praktiserte lørdagsfaste. På grunn av innføringen av Filioque i trosbekjennelsen, anklaget østkirken pave Nikolas for forfalskning av troen og kjetteri, og de avsatte og ekskommuniserte ham.
Men denne nyheten nådde ikke Roma før Nikolas var død. Men da etterfølgeren Hadrian II (867-72) fikk høre om synoden under ledelse av patriark Fotios som hadde avsagt dom om avsettelse og ekskommunikasjon over Nikolas I i august/september 867, holdt han en synode i juni 869. Der bannlyste han Fotios og hans kolleger for deres makeløse uforskammethet.
Men forholdene i Bysants ble enda mer kompliserte. Den stolte og seiersbevisste Fotios ble nemlig trukket inn i Basileios I Makedonerens kupp mot keiser Mikael III i 867. Krigeren Basileios var fra Makedonia, men var av armensk opprinnelse. Han var hentet til hoffet i Konstantinopel av Bardas. Men han innyndet seg hos den labile keiseren, og i 866 utnevnte Mikael ham til medregent. Da lot Basileios Bardas myrde, og i september året etter lot han den eldre keiseren lide den samme skjebnen. Den nye herskerslekten, det makedonske dynasti, skulle få en lang levetid (867-1056). Under den opplevde det bysantinske riket sitt høydepunkt.
Fotios ble forvist til et kloster og Ignatius ble gjeninnsatt som patriark, ikke så mye for å gjenopprette rettferdigheten som å sikre seg støtte fra Ignatius' tilhengere. Det åttende økumeniske konsil i Konstantinopel (IV) i 869/70 ekskommuniserte Fotios og anerkjente offisielt Ignatius som patriark. Han skulle inneha stillingen til sin død.
Ignatius gjenopptok sine plikter med sin tidligere iver og energi, men ikke alltid med klokskap. Han oppmuntret den bulgarske fyrst Boris til å utvise de latinske biskopene og prestene fra sitt territorium og akseptere de greske erstatterne Ignatius sendte. Da han konsekrerte en erkebiskop og biskoper for Bulgaria i 870, truet pave Johannes VIII (872-82) med å ekskommunisere ham. Men da pavelige legater kom til keiserbyen i 877 med et ultimatum, fant de at Ignatius allerede var død.
Dommen pave Nikolas hadde felt over Fotios, og den Fotios hadde felt over ham, bidro uunngåelig til splittelsen mellom øst og vest. Etter Ignatius' død i oktober 877 ble Fotios gjeninnsatt. Men ved regjeringsskiftet i 886 da keiser Leo VI den Vise (886-912) overtok, måtte Fotios vike for en yngre bror av keiseren og ble forvist til et kloster. Leo hadde i motsetning til faren Basileios fått en utmerket utdannelse - av Fotios.
Ignatius døde den 23. oktober 877 i De hellige Erkeenglers kloster som han hadde bygd som patriark. Det som gjorde ham til helgen, var hans personlige hellighet, hans fryktløshet i å refse umoralen i høye sirkler og hans tålmodighet under forfølgelsene. I østkirken æres han sammen med Fotios, selv om de to mennene hadde stått mot hverandre mens de levde i dype prinsippspørsmål.
Ignatius' minnedag er dødsdagen 23. oktober. Hans navn står i Martyrologium Romanum.