Da krigen brøt ut i september 1939, ble han arrestert av Gestapo under en husransakelse i huset til erkebiskopen av Poznan. Først var han fengslet i Poznan, deretter i Kazimierz Biskupi, Mauthausen sør for Linz i Østerrike og Gusen ved Mauthausen, og til slutt ble han sendt til konsentrasjonsleiren Dachau i Bayern i Tyskland, som hadde en spesiell avdeling for fengslede katolske geistlige.
I februar 1945 svarte han på en oppfordring fra leirledelsen som ba om frivillige til å pleie tyfuspasienter. Han visste at han ville komme til å dø, men han hadde en særlig intensjon, nemlig at kardinal August Hlond, primas for Kirken i Polen, skulle kunne vende tilbake til sitt fedreland. Han døde i konsentrasjonsleiren Dachau den 19. februar 1945 etter å ha blitt smittet av tyfus av noen tyske medfanger.
Han ble saligkåret den 13. juni 1999 av pave Johannes Paul II (1978-2005) i Warszawa som en av de 108 polske martyrer for nazismen. Gruppen har offisielt navnet «De salige Antonius Julian Nowowiejski, Henrik Kaczorowski, Anicetus Koplinski og Maria Anna Biernacka og deres 104 ledsagere». Han er nr 92 på listen. Hans minnedag er dødsdagen 19. februar, mens hele gruppens minnedag er 12. juni.