Den salige Notker (Notger) ble født rundt 840 i Heiligau (nå Elk) (eller Jonschwil) i kantonen Zürich nær det nåværende Winterthur i Sveits. Han kom fra en fornem alemannisk adelsslekt som talte mange munker og nonner. Allerede som barn kom han til benediktinerklosteret (Ordo Sancti Benedicti – OSB) i St. Gallen i Sveits for å få sin utdannelse, og der ble han hele livet som legbror. Tilnavnet Balbulus, som betyr Stammeren eller den Stamme, fikk han på grunn av en talefeil. Han hadde allerede i ung alder mistet tennene, og det var med stor møye han klarte å snakke. Dette gjorde ofte tilværelsen vanskelig, spesielt på klosterskolen, hvor hans jevnaldrende gjorde narr av ham.
Men dette handikappet kan ha gjort at han søkte tilflukt i diktning og musikk, hvor han kunne finne uttrykk for det han ikke fikk sagt. Hans hovedinteresse var å studere musikk, noe han gjorde sammen med de to kollegene Radpert og Tutilo under en irsk munk ved navn Marcellus (Moengall). Alle de tre elevene skulle bli lærere ved klosteret, og de gjorde mye for å utvikle det til et senter for en riktig utføring av kirkemusikk.
Notker ble legbror i klosteret, og han blir av en samtidig beskrevet som «svak av legeme, men ikke av sinn, stam av tunge, men ikke av intellekt», og hans medbrødre kalte ham «et kar fylt av Den Hellige Ånd mer enn noen annen på sin tid». Senere fikk han embetene som bibliotekar (890), gjestemester (892-94) og forsanger ved siden av å være lærer. Hans siste embete var som leder for klosterskolen.
Notker ble ofte konsultert av mennesker utenfor klosteret for råd i åndelige og verdslige spørsmål. Keiser Karl den Tykke (877-87) hadde stor tillit til ham og søkte ofte råd hos den lærde munken. Notker går inn i litteraturhistorien fordi han oversatte mange svært betydningsfulle verk fra gresk eller latin til tysk, blant annet av Aristoteles og Boethius. Dette ga ham også tilnavnet «den tyske». Han var trolig den «munken fra St. Gallen» (Monachus Sangallensis) som var forfatteren av en biografi om Karl den Store på vers (Gesta Caroli Magni), som ble skrevet etter keiserens anmoding. Han fortsatte også «De frankiske kongenes breviarium» og skrev en biografi på vers om den hellige Gallus, klosterets grunnlegger (Metrum de vita sancti Galli). Han skrev også et martyrologium. Men fordi det var mange munker i St. Gallen med navnet Notker, er det ikke alltid like lett å være sikker på forfatterskapet til noen av disse verkene.
Men det er innen feltet liturgisk musikk at Notker er mest kjent, og han regnes som den egentlige stimulator for utbredelsen av den gregorianske sang i tyske klostre og domkirker. Hans viktigste verk er hans Liber Hymnorum fra 884, som han dedikerte til biskop Liutward av Vercelli. Hans navn er også udødelig i musikkvitenskapen, fordi han var «den første komponist av tysk avstamming». Han var en høyt begavet dikter og satte selv melodi til sine dikt, og han har øvd stor innflytelse på tysk litteratur.
Han viet seg fremfor alt til å skrive hymner og sekvenser, og tidligere mente man at det var han som oppfant sekvensene, en type hymne sunget eller resitert på viktige festdager før evangeliet, for eksempel Veni, sancte Spiritus på pinsedag og Dies Irae på Allesjelersdag. Det hadde blitt vanlig å forlenge halleluja i messen før evangeliet med mange «utbroderinger», en dyktig harmonisert lang serie av toner. Det som ble gjort på denne tiden, var å sette tekst til disse melodiene. Det er nå allmenn enighet om at disse eksisterte i en eller annen form lenge før hans tid, og det Notker gjorde, var å samle dem, komponere rundt førti nye og generelt popularisere bruken av dem nord for Alpene.
Fra et teknisk synspunkt er hans komposisjoner viktige for å bestemme strukturen til tidligere sekvenser, og hans omhyggelige bruk av latin og forståelsen av forholdet mellom ord og musikk, viser betydelige evner og sofistikasjon. Han gjorde flittig bruk av bilder tatt fra et vidt spekter av klassiske, bibelske og kirkefaderlige kilder, og hans tekster viser individualitet og originalitet.
Notker tilskrives sekvensen til Den Hellige ånd, som bes i pinseoktaven. Etter tradisjonen var det vannets brus ved møllen en gang som minnet ham om Den Hellige Ånds brus, og da oppsto sekvensen. En annen versjon sier at han skrev en pinsesang til takten fra knirkingen av møllehjulet. Hans hymne «Midt i Livet» (Media Vita) står i den katolske salmeboken Lov Herren (nr 423). De gamle neumene, sekvensene og tropene som han og Tutilo forfattet, kan fremdeles ses i klosterbiblioteket i St. Gallen.
Men Notker var også en from og samvittighetsfull munk. Når han ikke satt over sine bøker, besøkte han de syke og lindret deres lidelser gjennom selvoppofrende pleie. Til tross for sine store kunnskaper forble han beskjeden og levde stille og tilbaketrukket.
Han døde den 8.april 912 i St. Gallen. Hans relikvier oppbevares på et alter viet til ham i domkirken i St. Gallen. Hans kult startet rett etter hans død, og den ble stadfestet i 1512 av pave Julius II (1503-13), som ga ham tittelen Beatus (salig). Hans minnedag er 6. april, men 7. mai nevnes også. Han fremstilles som munk, han slår gjerne løs på djevelen med sin stokk. Han blir også fremstilt med et møllehjul, og hans attributter er bok og stav.