Men knapt fire år senere gjorde han «comeback» som 71-åring, da han ble valgt til patriark av Alexandria og dermed overhode for sin kirke med knapt 200 000 koptisk-katolske kristne i Egypt. Han ble kreert til kardinal i Benedikt XVIs tredje konsistorium den 20. november 2010. I likhet med de andre østlige patriarkene fikk han rang av kardinalbiskop. Disse patriarkene har ikke noe titularsete – deres patriarksete er samtidig deres titularsete som kardinalbiskop.
I januar 2012 fikk kardinal Naguib slag slik at han ble delvis lammet og gjennomgikk hjernekirurgi, og den 6. februar utnevnte synoden i den koptisk-katolske kirke biskop Kyrillos Kamal William Samaan OFM av Assiut (65) til stedfortredende patriark med full beslutningsrett. Dette var et uttrykk for at kirken ville sikre sin egen beslutningsdyktighet i den vanskelige overgangsfasen som Egypt da gjennomlevde. Den 18. januar 2013 trådte Antonios Naguib tilbake som patriark av Alexandria, da pave Benedikt XVI stadfestet valget av den nye patriarken Ibrahim Isaac Sidrak (f. 1955).
Etter hans åttiårsdag er det bare kardinalpatriark Bechara Boutros Rai av kardinalbiskopene som kan delta i pavevalg. Det er etter 18. mars 124 av de 226 kardinaler som er under åtti år og dermed har stemmerett.
Kathpress / Katolsk Informasjonstjeneste (Oslo) (pe)