Den salige Johannes Duns Scotus ble født sent i 1265 eller tidlig i 1266 i den lille byen Duns i Berwickshire (nå en del av Borders) i det sørøstre Skottland, to mil vest for Berwick-upon-Tweed og like nord for grensen til England. På grunn av sin opprinnelse fikk han tilnavnet Scotus = skotten – selv om dette tilnavnet også ble gitt til menn fra Irland og det nordligste England. Fødestedet er omstridt, også Down (Dunum) i Nord-Irland og Dunstane i Northumberland nevnes.
Johannes var sønn av en rik bonde, men vi vet lite sikkert om hans tidlige liv. Det finnes en lokal tradisjon som sier at han fikk noe av sin første utdannelse på North Uist i Ytre Hebridene, mens en annen tradisjon hevder at han fikk sin utdannelse hos farens bror Elias Duns, som var superior i det klosteret fransiskanerne (Ordo Fratrum Minorum – OFM) hadde i Dumfries, som tilhørte den engelske provinsen, og at han selv ble fransiskaner der i en alder av femten år og dro for å studere ved Merton College i Oxford. Den første sikre datoen vi kjenner, er den 17. mars 1291, da han ble presteviet som fransiskaner i klosteret St. Andrew's i Northampton i England av Oliver Sutton, biskop av Lincoln.
Etter prestevielsen dro han for å ta en magistergrad i teologi i Paris. Der ble han til 1296, men det ser ikke ut til at han på dette tidspunkt hadde fullført det arbeidet som krevdes for magistergraden, så på dette tidspunkt hadde han bare tatt bachelor-graden. Uansett var han i 1297 tilbake i Oxford, og både der og i Cambridge foreleste han om Peter Lombards Sentenser. Dette fortsatte han med til 1301, mens han kontinuerlig reviderte sitt arbeid. I 1302 vendte han tilbake til Paris, men han ble tvunget til å forlate byen igjen i juni 1303 da han nektet å støtte appellen fra den franske kongen Philippe IV Le Bel (Filip den Smukke) (1285-1314) om et allment (økumenisk) konsil mot pave Bonifatius VIII (1294-1303). Dette var en del av den ulmende konflikten mellom paven og kongen som for en stor del var en maktkamp og handlet om forholdet mellom stat og kirke.
Johannes fikk tre dager på seg til å forlate landet, og han vendte tilbake til England, men han var ikke lenge borte fra Paris. Da han vendte tilbake i april 1304, hadde han med seg et anbefalelsesbrev fra Gonsalvus Hispanus, som hadde vært hans lærer i Paris fra 1293 til 1296 og nå var generalmagister for ordenen. I brevet henviste Gonsalvus til Scotus' «prisverdige liv» og hans «ytterst subtile geni» (ingenioque subtilissimo), han fikk senere tilnavnet doctor subtilis. I 1305 mottok han endelig sin ettertraktede grad magister regens fra Universitetet i Paris, og de neste to årene underviste han der.
I slutten av 1307 forsvarte han offentlig et syn som var svært kontroversielt på den tiden, nemlig at frelsen var gitt på forskudd til den hellige Jomfru Maria som Guds Mor – med andre ord doktrinen om Marias uplettede unnfangelse. Denne læren skulle i århundrene som fulgte bli et av hovedspørsmålene i disputten mellom fransiskanere og dominikanere. Læren ble i 1854 erklært som et dogme i Den katolske kirke av den salige pave Pius IX (1846-78).
For hans egen sikkerhets skyld sendte ordensgeneralen ham til universitetet i Köln. Der underviste han og forsvarte katolsk ortodoksi mot begardene og beginene, som var medlemmer av leggrupper som begynte å danne seg på 1100-tallet og som ble sett på med skepsis av de kirkelige autoritetene.
Johannes Duns Scotus var analytiker og en skarpsindig kritiker av den aristoteliske thomismen, og han skrev vanskelig tilgjengelige skrifter. Han ville at teologien skulle væra frittstående fra filosofien, og han hevdet at Gud blir levende i den konkrete virkeligheten gjennom de hellige skriftene og bønn. Han anså at Gud har frambrakt et mønster som kommer frem i de skapte tingene. Han bygde sine tanker rundt en Gud med en suveren, men fornuftig vilje. Menneskene kan ha en klar oppfattning om det gode, men likevel velge det onde. Disse beslutningene strider mot Guds orden. Det er viljen som ligger til grunn for menneskenes moral og lykke.
Johannes Duns Scotus var den største engelskspråklige filosofen og teologen i sin tid. Hans liv kan ikke kalles begivenhetsrikt, men hans store betydning ligger i hans lære og hans skrifter, som skulle ha enorm innflytelse på hans etterfølgere. Han var bare rundt tolv år da visse deler av den hellige Thomas Aquinas' lære ble fordømt i 1277 sammen med noen aspekter ved Averroës' filosofi. Bevisst eller ikke begynte han å konstruere en ny syntese basert på Avicenna, den hellige apostelen Paulus, den hellige Augustin og de store fransiskanerne Alexander av Hales og den hellige Bonaventura. Han fikk på grunn av sin lære om Maria også tilnavnet doctor Marianus.
Duns Scotus hadde en enestående skarp hjerne og var åpen nok til å ta enhver mening opp til vurdering hvis den kunne hjelpe ham i hans objektive søken etter sannheten. Men hans viktigste anliggende var å opprettholde teologiens uavhengighet. Han bygget for eksempel på Avicenna når det gjaldt filosofi, men bare i den grad Avicennas lære ikke var i konflikt med kristen lære.
Johannes Duns Scotus døde allerede den 8. november 1308 i Köln, bare 43 år gammel. Vi vet ikke dødsårsaken, men det var muligens slag. Han ble gravlagt i fransiskanerkirken i Köln, som lå i nærheten av katedralen. Han ble opprinnelig gravlagt nær alteret for De hellige tre Konger, men mot slutten av 1500-tallet ble graven flyttet til midt i koret, nær høyalteret. Der befinner den seg fortsatt, og der knelte pave Johannes Paul II (1978-2005) i bønn da han besøkte Köln den 15. november 1980. Gravinnskriften på latin har vært forbundet med hans gravsted i århundrer:
Scotia me genuit, / Anglia me suscepit, / Gallia me docuit, / Colonia me tenet. (Skottland fødte meg, England tok imot meg, Frankrike lærte meg, Köln innehar meg.)
Johannes Duns Scotus ble straks etter sin død æret som en helgen, og som et tegn på kontinuerlig interesse og venerasjon ble hans jordiske rester påvist ved mange anledninger de neste seks århundrene. I 1954 overførte kardinal Frings en armrelikvie til krypten i den tidligere fransiskanerkirken i Köln. I 1980 ble denne relikvien overført til valfartskirken i Neviges.
Et annet tegn på interesse er det store antall avbildninger som ble laget av ham ned gjennom århundrene, enten alene eller sammen med andre helgener. I et portrett av Benozzo Gozzoli (1420-97) i klostergården i fransiskanerklosteret i Mönchengladbach i Tyskland er han avbildet mens han skuer oppad, som om han lytter intenst til kilden for sin inspirasjon – en stilling som er gjentatt i en moderne statue av Tritschler i fritidsparken i Duns. Et maleri tilskrevet Justus av Gent, som nå er i hertugpalasset i Urbino, viser ham med forunderlig talende hender og et konsentrert uttrykk i ansiktet. Gerard Manley Hopkins har beskrevet ham i sin sonett «Duns Scotus' Oxford».
Det ble gjort forberedelser for en saligkåring av Johannes Duns Scotus i Köln i 1706 og i Nola ved Napoli i 1710 og igjen i 1905-06. Den 8. februar 1906 erklærte biskopen av Nola at Johannes' kult var «fra uminnelige tider», men på dette tidspunktet var den bare godkjent for fransiskanerordenen. Men den 6. juli 1991 ble han saligkåret ved at hans kult ble stadfestet av pave Johannes Paul II (1978-2005). Dekretet ble høytidlig kunngjort i Peterskirken i Roma den 20. mars 1993. Dermed kan han kalles salig, ikke bare i fransiskanerordenen, men i hele Universalkirken. Johannes minnes på dødsdagen 8. november.