Den salige Urban II var av ridderslekt og het opprinnelig Odo (Eudes) av Lagery og ble født ca år 1035 ved Châtillon-sur-Marne i Champagne i Frankrike. Hans foreldre var fromme, og Odo fulgte deres eksempel. Han studerte i Reims hos den hellige Bruno, grunnleggeren av karteuserordenen, og ble deretter kannik og erkediakon i byen. Men han forlot rang og ære for å bli munk, og i 1068 trådte han inn i benediktinerordenen i klosteret i Cluny ved Mâcon i Burgund. Under den store abbed Hugo gjorde han store fremskritt i det åndelige liv og ble etter hvert prior. Da Gregor VII ba Hugo om noen munker som ville bli gode biskoper, sendte abbeden blant andre Odo til Roma. I 1080 utnevnte Gregor VII ham til kardinalbiskop av Ostia. I 1084-85 var han pavelig legat i Tyskland. Han støttet lojalt Gregor under hans konflikt med Henrik IV (1056-1106), og presiderte over en synode i Quedlinburg i Sachsen i 1085 som bannlyste motpave Klemens (III).
Etter at Viktor III døde i Monte Cassino den 16. september 1087, var Roma kontrollert av Klemens (III) og reformkardinalene var ute av stand til å få adgang til byen. Det varte derfor et halvt år før den nye paven kunne velges. Valget måtte holdes i Terracina, sør for Roma, nær Gaeta. Kardinalbiskop Odo av Ostia ble den 12. mars 1088 valgt med akklamasjon og innsatt i embetet som Urban II.
Stilt overfor en fiendtlig keiser og en suksessfull motpave, så Urban det som sin umiddelbare oppgave å etablere sin stilling som legitim pave, og selv om han understreket sin tilslutning til Gregors reformprogram, var han klar til, for en tid, å anvende det med diplomatisk forsiktighet.
Mens han fornyet Gregors lover mot geistlig ekteskap, simoni og leginvestitur i Melfi i september 1089, ga han relativt moderate retningslinjer for sine legater i Tyskland. Han selv foretrakk å gi dispensasjon når det syntes fornuftig å gjøre det; han anerkjente for eksempel en biskop som hadde blitt innsatt av sin hersker, men kanonisk valgt, og han anerkjente gyldigheten for gyldig ordinerte prester som hadde gått over til skismatikerne. Urban modifiserte Gregors metoder og gikk midlertidig bort fra bruken av stående legater for å tvinge gjennom eller styrke reformen. Denne forsonlig holdningen brakte ham kritikk fra de strengeste reformatorene, men det førte til en demping av konflikten og en gradvis styrking av hans posisjon. Det var Urban som skulle slutte det skisma med keiseren som skyldtes motpave Klemens (III). Formelt kunne riktignok ikke Urban II oppnå forsoning så lenge motpave Klemens (III) var i live, men fra 1095 ble han i praksis anerkjent som pave i hele vesten.
Da Urban senhøstes 1088 bega seg til Roma, måtte han først bosette seg på Tiberøya og leve av almisser, da resten av byen var i motpave Klemens (III)s hender. Også flertallet av kardinalprestene sto på motpavens side. Klemens avholdt i 1089 en synode i Peterskirken, hvor Urban II ble bannlyst, men hvor det også ble fattet beslutninger mot simoni.
I det følgende året lyktes det Urban II å innta Roma og etter kroningsmessen dra i høytidelig prosesjon gjennom byens gater. Likevel var det første året av hans pontifikat sterkt preget av Henrik IVs overmakt. Urban kunne ikke holde seg i Roma etter keiserens suksessrike italienske felttog i 1090-92, og måtte overgi byen til motpave Klemens (III) og flykte til normannerne i Sør-Italia.
Men så vendte krigslykken seg. I 1092 led keiseren et nederlag for troppene til grevinne Mathilde av Toscana og måtte trekke seg tilbake over elva Po. Ved dyktig diplomati og ved å utnytte keiserens nederlag, var paven i stand til å nøytralisere hans dominans. Mens Henrik i flere år ble bundet opp i regionen Verona, var Urban i stand til å returnere til Roma for godt i 1093, og ved kløktige bestikkelser fikk han kontroll over Lateranet i 1094. Det var sannsynligvis også ved bestikkelser han vant Castel Sant'Angelo i 1098.
I 1093 ble keiseren dessuten sviktet av sin sønn Konrad, som Henrik hadde gjort til sin stedfortreder i Italia. Den lille tre-åringen som for 16 år siden hadde vært med far og mor på den farlige reisen til Canossa, var nå blitt en veik ung mann som var lett å lede, en kasteball i hendene på det pavelige partiet. Konrad ble kronet til konge av Italia av erkebiskopen av Milano, og i april 1095 møtte han pave Urban II i Cremona, og sverget en troskapsed til ham. Henrik IV hadde mistet nesten alle sine tilhengere og satt maktesløs i området ved Padova og Verona. I et par år var Henriks handlekraft som lammet, til han i 1096 forsonte seg med hertug Welf IV av Bayern og kunne dra til Tyskland i 1097. Keiserens tilbakekomst til Tyskland endret de kirkepolitiske forholdene der lite, og de tyske gregorianernes ideer grep stadig større folkemasser.
Urban II fremmet munkevesenet - særlig Cluny-bevegelsen - innen kirken og opplevde også Robert av Molesmes grunnleggelse av cistercienserordenen i 1098, oppkalt etter deres første kloster i Cîteaux (latin: Cistercium). Urban hevet også statusen for de regulerte kanniker, det vil si kanniker som levde etter en regel. Han var også en lærd kanoniker (ekspert i kirkerett), og mange av hans bestemmelser skulle bli innlemmet i Kirkens lovsamling (Codex).
Urban IIs realisme og forsonlig holdning brakte ham suksesser i andre land. Overfor det normanniske statskirkevesenet i England, Sicilia og Sør-Italia viste han seg lite kamplysten. Han hadde spesielle vanskeligheter med England, hvor Vilhelm II (1087-1100) i begynnelsen var nøytral, og først i 1095 anerkjente Urban til gjengjeld for viktige innrømmelser. Det er verdt å merke seg at paven gikk med på at hans legater trengte kongelig tillatelse til å komme inn i England, og at han aldri nådde en endelig avgjørelse i den langvarige krangelen mellom kongen og Anselm av Canterbury (1093-1109), som han i 1093 hadde gjort til erkebiskop og primas for England. Men i Frankrike, hvor han inntok en forsiktig linje overfor kong Filip Is (1060-1108) ureglementerte ekteskap, fant han økende støtte for reformpavedømmet og dets politikk.
Normannerne i Sør-Italia og Sicilia var pavens særlige allierte. Etter Robert Guiscards død i 1085 ble hans bror Roger I, greve av Sicilia (1072-1101), den mektigste herskeren blant normannerne i Sør-Italia. For å fortsette sine fruktbare forbindelser med Roger innrømmet Urban til og med den 5. juli 1098 til ham og hans etterfølgere kvasi-legatisk makt med kontroll over kirken på øya, det såkalte Sicilianske monarki; det skulle for godt bli trukket tilbake først i oktober 1867 av den salige pave Pius IX. Sicilia og Sør-Italia ble pavelige len.
I Spania oppmuntret Urban med hell gjenerobringen fra maurerne («Reconquista»), utvidet Den hellige Stols føydale overherredømme over stater som Aragón-Navarra og Katalania, som ble pavelige len, og reorganiserte landet kirkelig. I 1088 gjenskapte han Toledo som erkebispesete og ga den nye erkebiskopen palliet som primas for hele Spania.
I 1095 var Urbans stilling trygg, til tross for at skismaet fortsatte, og han gikk i gang med en triumferende rekke av synoder. Allerede i 1094 reiste han via Toscana og Lombardia til Frankrike. I mars 1095 avholdt han en godt besøkt synode i Piacenza, som fornyet bannlysningen av Klemens (III) og hans tilhengere. Her bestemte man også at alle vielser som motpaven hadde tildelt etter sin fordømmelse, var ugyldige, det samme gjaldt for hans bannlyste tilhengere. Synoden erklærte også simonistiske ordinasjoner for ugyldige. Allerede i 1089 hadde Urban fornyet investiturforbudet. Synoden fordømte på nytt eukaristilæren til Berengar av Tours (ca 1010-88), vedtok reformlover, og som svar på en appell fra den bysantinske keiser Alexios I Komnenos (1081-1118), ba synoden om kristne krigeres hjelp for å forsvare østkirken. Østen hadde blitt oversvømmet av en horde av seldsjukk-tyrkere, som hadde kommet fra Sentral-Asia for å true det østlige imperiet og gjøre livet surt for kristne pilegrimer til Det hellige Land.
Fra Piacenza dro Urban til Frankrike. Der samlet han en synode i Clermont, som ble åpnet den 28. november 1095, med 13 erkebiskoper, 225 biskoper og 90 abbeder til stede. Synoden fornyet igjen Gregor VIIs reformlovgivning. Den ble også utvidet ved å forby biskoper og geistlige å bli vasaller for sine konger og andre legmenn.
På synoden forkynte man for første gang at «Gudsfreden» (Treuga Dei), det vil si avbrytelse av fiendtligheter på dager som var foreskrevet av Kirken visse tider av året og omkring de store høytidene, skulle bli overholdt hver uke i hele kristenheten.
Synoden satte også endelig forbud mot presters ekteskap. For å vise at de mente alvor, ble prestekonene solgt til slaveri. Men snart introduserte paven den berømte cullagium, som tillot en kleriker å holde en konkubine så lenge han betalte en fast årlig avgift.
Men størst betydning fra synoden fikk korstogsoppropet. Den store Gregor VII hadde planlagt å organisere et korstog som svar på forpinte appeller fra det vaklende østriket, men kampen om leginvestituren hadde tatt all hans tid. Etter skismaet med øst var det fristende for paven å utnytte Bysants' svakhet til å legge Det hellige Land under romersk-katolsk kontroll. Hittil hadde Palestina stått under patriarken av Konstantinopel. Men Urban II var svært ivrig etter å få slutt på det østlige skismaet, og så en mulighet ved å gjøre østkeiseren en tjeneste. Faktisk løste han Alexios fra ekskommunikasjon.
Ved siden av å gjenvinne Kristi hellige grav og frigjøre Jerusalem fra muslimsk dominans, ville Urban også samle Vest-Europa i et stort fellesforetak under pavelig lederskap. Han ville også lede lensadelsens krigslyst inn på et «nyttig» og edlere spor i stedet for de evinnelige innbyrdes feidene.
Fra Urban IIs korstogsappell på synoden i Clermont den 27. november 1095:
«Med sorg sier jeg det: De kirker hvor man før utførte hellige offerhandlinger, er nå - o jammer - staller for kveg! Uverdige mennesker har nå besatt de hellige steder! Svinske og urene tyrkere underkuer våre brødre! I Antiokia, hvor den salige Peter var biskop, har hedningene stilt opp sine avguder i selve kirken. (...) Ve oss, at vi er født til å se vårt folk og den hellige by bli ødelagt. (...) Derfor forkynner jeg dere brødre, at dere skal holde hendene borte fra broderstrid, og i stedet, sammen med troens feller, vende dem mot de fremmede folkeslag. Dra ut med Kristus til fører som en kristen, uovervinnelig hær! Kjemp bedre enn selv de gamle israelitter for deres Jerusalem! Bevæpne dere med Guds nidkjærhet, brødre, bind sverdet om livet, rust dere og vær Den veldiges sønner!»
Pavens opprop om korstog fikk stor støtte, og det ga støtet til det første korstog (1096-99). Ordene «Gud vil det! Gud vil det!» ble korsfarernes slagord. Allerede i Clermont meldte mange seg frivillig og ga sitt løfte om korstog. Urban festet et hvitt kors på deres høyre skulder, for korstogene skulle være både valfart og hærtog. Paven ga alle deltakerne full avlat. Begynnelsen til korstoget ble fastlagt til den 15. august 1096, etter at årets grøde var brakt i hus.
Fra de store føydale fyrsteslektene kom krigsvante riddere ledet av Gottfred av Bouillon, hertug av Lorraine, og hans bror Baldvin, Robert av Normandie, Robert av Flandern, Hugo av Vermandois, Raymond av Toulouse og Bohemund av Taranto i normannisk Italia, Robert Guiscards sønn. For å lede disse sterke personlighetene utnevnte paven som sin legat biskop Adhémer av Le Puy, som kjente forholdene i Orienten godt.
I de følgende månedene fortsatte Urban II arbeidet for korstog på sine reiser gjennom Sør- og Vest-Frankrike.
Sommeren 1096 satte forskjellige kampgrupper seg i bevegelse fra sine hjemsteder for å forenes i Konstantinopel. Anslagsvis 4.000-4.500 mann til hest og 30.000 mann til fots bega seg av sted langs flere veier, via Ungarn og Bulgaria til Konstantinopel. Våren 1097 ble den delen av korstogshæren som ikke var omkommet av sult og sykdom eller i kamp med bulgarere og ungarere under marsjen, satt over Bosporus. Korsfarerne dro gjennom Anatolia til Antiokia. Den rike handelsbyen var beskyttet av veldige murer, men korsfarerne kunne erobre byen etter sju måneders beleiring den 3. juni 1098. Den videre ferden gikk over Syria til Jerusalem, som ble nådd den 7. juni 1099 av hovedstyrken på 12-1300 ryttere og vel 10.000 fotfolk. Den 15. juli 1099 falt byen i korsfarernes hender etter et fryktelig blodbad. Så å si alle byens ikke-kristne innbyggere ble drept. En samtidig forfatter, som selv var med, forteller at korsfarerne vasset i blod til anklene.
To uker senere døde Urban II, uten å ha fått høre om Jerusalems erobring.
Igangsettingen av korstogene, som var Urbans mest minneverdige prestasjon, var klimaks for en politikk med tilnærming til Bysants, med kirkeunion som endelig mål, som han hadde begynt på så tidlig som i 1088. På en synode i Bari i 1098, hvor paven forsøkte å nå et forlik om doktrine og praksis med de greske biskopene av Sør-Italia, var han i stand til, assistert av Anselm av Canterburys subtile argumentasjon, til å overbevise orientalerne om berettigelsen av troen på at Den Hellige Ånd utgår fra både Faderen og Sønnen (Filioque). Men målet, en forening med østkirken, ble ikke oppnådd, og synoden ble uten følger.
I Urbans pontifikat skjedde en økende sentralisering av det kirkelige styret, reorganisering av de pavelige finanser, fremveksten av kurien (uttrykket curia Romana opptrer først i en bulle av 1089) som en institusjon tilsvarende en konges hoff, og en økning i kardinalkollegiets innflytelse.
Den franske kongen Filip I (1060-1108) var kommet i krangel med de reformivrige pavene fordi han solgte kirkelige embeter. Men Urban skulle bannlyse Filip på grunn av hans ekteskap.
I 1092 skilte Filip I seg fra sin hustru Bertha og giftet seg i stedet med Berthrade, som han var beslektet med. Hun var allerede gift med greven av Anjou. To år senere ble kongen lyst i bann av en pavelig legat og senere av paven selv. Ikke desto mindre ble hans nye ekteskap inngått under forsete av erkebiskopen av Reims og en rekke franske biskoper. Og Filips bestefar, som gjorde det samme i begynnelsen av århundret, møtte liten kritikk, og kunne til og med gå inn i historien under navnet Robert den Hellige.
Men etter ti års konflikt ydmyket de to synderne seg barbent for en forsamling av biskoper i Paris i 1104 og lovte å holde seg borte fra hverandre. Da ble kongen løst av bannet, men det ble ikke organisert noen form for kontroll, så avtalen må kunne betraktes som et kompromiss fra pavens side.
Ved Urban IIs død var paven det anerkjente overhode for kristenheten, og aldri mer skulle keiseren få den rollen. Det er Urbans største fortjeneste ved siden av korstogsoppropet.
Urban II døde den 29. juli 1099 i Roma, to uker etter at korsfarerne hadde erobret Jerusalem den 15. juli. Han ble tidlig æret for sin hellighet, men ble først saligkåret av Leo XIII i 1881. Hans minnedag er 29. juli.