Hennes far døde i 1896, bare førti år gammel, og etterlot hustruen og seks barn i stor fattigdom. Etter det tjente Anna i husholdningen til en Amtsgerichtsrat i Landshut. Der hørte hun i juni 1898 Jesu kall, som skulle bli avgjørende for henne resten av livet: Hun skal i en visjon ha blitt åpenbart at hun snart skulle komme til å måtte tåle langvarige og smertefulle lidelser. Selv om det fantes i henne en villighet til full hengivelse - hun hadde samme år viet seg til Jomfru Maria - reagerte hun først som ethvert sunt menneske med flukt. Hun forlot sitt arbeid i stor hast og fant en ny tjeneste i skogvokterboligen i Stammham nær Ingolstadt.
Den 4. februar 1901 ville Anna sammen med en annen tjenestejente feste ovnsrøret i vaskerommet i skogvokterboligen, som hadde løsnet fra veggen, og i et forsøk på å feste det gled Anna og havnet i en stamp med kokende lut og skåldet begge beina til over knærne. Til tross for intensiv behandling både på sykehuset i Kösching, hvor hun først ble brakt, og på klinikken i Erlangen, var ikke legene i stand til å lege hennes brannskader. Mer enn tretti operasjoner fulgte, men til tross for dr. Waldins omhyggelige omsorg, lyktes ikke hudtransplantasjoner, og Anna ble fullstendig immobil.
Etter at hun ble utskrevet fra sykehuset som invalid i mai 1902, fortsatte hennes tilstand å forverre seg, noe som gjorde henne fullstendig lenket til sengen. Hun ble derfor tvunget til å oppgi sin langvarige drøm om å tre inn i en religiøs orden. I tillegg til den smertefulle sykdommen kom også ekstrem fattigdom. Av hensyn til brorens familie måtte hun forlate det beskjedne familiehjemmet sammen med sin mor og leie et lite hus. Hennes mor skulle komme til å pleie henne resten av hennes liv. Hun hadde en invalidepensjon på ni riksmark i måneden å leve av.
Etter fåfengte forsøk på opprør lærte Anna å anerkjenne Guds vilje i denne bitre leksjonen i lidelse og å akseptere den med stadig større glede. I svakhet og fattigdom hørte hun den korsfestedes kjærlige kall om å bli som ham. Dette var hennes misjon i livet og dets oppfyllelse. Hun bestemte seg sjenerøst for å ofre sitt liv og sine lidelser til Gud. I de følgende tiårene var Anna Schäffer utsatt for sterke legemlige lidelser, men i denne tiden ble hun til et tilfluktssted for tallrike mennesker som søkte trøst og bistand. Ettersom hun var sengeliggende, mottok hun hver dag kommunion fra sin kloke åndelige veileder og sogneprest, p. Karl Rieger. Hun mistet aldri sin optimisme og ble stadig mer hengiven i sin tro mens hun gjennomgikk konstante lidelser. Hun var ofte ute av stand til å sove, men fortsatte å uttrykke sin tilbedelse av Kristus, hans Mor og spesielt hans hellige hjerte.
Hun betraktet sine lidelser, sine skrifter og sin evne til å strikke klær for sine venner, som de tre «nøklene» som hun kunne komme til himmelen ved. Hun ble en høyt elsket skikkelse i landsbyen, og folk pleide ofte å besøke henne for å høre hennes trøstende troens ord. En fransk forfatter skrev at «de som hadde de største fordommene mot Anna, kunne ikke unngå å bli imponerte av hennes tålmodighet og hennes vennlighet». Selv hennes gudløse bror kom til slutt til hennes hjelp. Hun fikk brev ikke bare fra hjemstedet, men også fra Østerrike, Sveits og til og med fra Amerika.
Høsten 1910 hendte det ekstraordinære ting. I visjoner, som hun kalte «drømmer», så Anna først den hellige Frans av Assisi, deretter Frelseren, som var villig til å akseptere hennes soningsoffer. Fra den tiden bar hun stigmata, Kristi sårmerker, uten at omverdenen merket noe. Senere ba hun Herren om å fjerne sårmerkene for å kunne lide i hemmelighet og for å unngå sensasjon. Hun var ikke klar til å akseptere enda større lidelser. Samtidig intensiverte hun sitt åndelige apostolat og lovte sin forbønn og tilbød trøst muntlig eller skriftlig til alle som vendte seg til henne.
Den 25. april 1923 fikk Anna gjennomleve hendelsene på langfredag og hennes tilstand ble betydelig forverret. Hennes bein ble fullstendig lammet, og dette ble fulgt av fryktelige kramper på grunn av at ryggmarken stivnet, og til slutt fikk hun også kreft i endetarmen. Men hun kunne fortsette et aktivt apostolat, hun skrev utallige brev til de trengende og til dem som søkte hennes råd, hun broderte med glede for kirker og kapeller. Dette apostolatet kombinerte hun med et av bønn, offer og lidelse. Den unge kvinnen skrev ned sine mangfoldige mystiske opplevelser, gjorde opptegnelser om sine sykdomsopplevelser og trøstet andre alvorlig syke i brev. Alle som opplevde Anna Schäffers lidelser, spurte seg hvordan et menneske kunne holde ut de lidelser som hun måtte gjennomgå.
Fem uker før sin død falt Anna ved et uhell ut av sengen og fikk en hjerneskade. Den fikk henne til å miste stemmen og gjorde henne enda mer til et «taust offer». På sin dødsdag mottok Anna enda en gang kommunionen, gjorde korsets tegn med de største anstrengelser og ba: «Jesus, deg elsker jeg». Deretter lukket hun sine øyne for alltid. Dette var den 5. oktober 1925 i Mindelstetten, og hun var 43 år gammel. Ved begravelsen den 8. oktober på kirkegården i Mindelstätten deltok en stor menneskemengde, og mange av dem mente allerede at hun var en helgen. Det ble vanlig å besøke hennes grav for å få bønnesvar. Siden 1929 er det meldt om mer enn 15 000 mirakler tilskrevet slike bønner. I 1998 var 551 mirakler angivelig bevirket gjennom hennes forbønner registrert i sognet i Mindstetten.
Den 19. desember 2011 undertegnet pave Benedikt XVI dekretet fra Helligkåringskongregasjonen som godkjente et nytt mirakel på hennes forbønn, noe som åpnet for en snarlig helligkåring. Hun ble helligkåret av paven den 21. oktober 2012 på Petersplassen i Roma sammen med seks andre, de hellige Johannes Baptist Piamarta (1841-1913), Jakob Berthieu SJ (1838-96), Maria Carmen Sallés y Barangueras (1848-1911), Marianne Cope (1838-1918), Kateri Tekakwitha (1656-80) og Pedro Calungsod (1654-72). 80 000 mennesker var til stede på plassen, mer enn 2 000 av dem fra bispedømmet Regensburg. Ved helligkåringen deltok også formannen for den tyske bispekonferansen, erkebiskop Robert Zollitsch av Freiburg, den tidligere biskopen av Regensburg og nåværende prefekt for Troslærekongregasjonener, Gerhard Ludwig Müller, samt flere tyske biskoper. Fristaten Bayern var representert av Europaminister Emilia Müller og Landtagspresident Barbara Stamm (begge CSU). For bispedømmet Regensburg var dette den første helligkåringen på rundt tusen år. Delegasjonen derfra inkluderte også bispedømmeadministrator Wilhelm Gegenfurtner og hele domkapitlet.
Annas minnedag er dødsdagen 5. oktober.
Kilder: Schauber/Schindler, Index99, Wirth (5), Patron Saints SQPN, Bautz, Heiligenlexikon, santiebeati.it, de.wikipedia.org, en.wikipedia.org, EWTN/OR, altmuehlnet.de, t-online.de, mindelstetten.de, bistum-regensburg.de, Kathpress - Kompilasjon og oversettelse: p. Per Einar Odden Opprettet 3. juli 2005