Den hellige Marcellinus Flavius ble født en gang på 300-tallet, trolig i Toledo i Spania. Han ble tribun og notarius i keiser Honorius'(395-423) tjeneste. Han blir beskrevet som «en kultivert og sjenerøs aristokrat, interessert i teologi». Sammen med sin fromme hustru levde han et ekte kristent familieliv. Hans venn, den store og hellige kirkefaderen Augustin, beskrev ham som et aktivt og dynamisk menneske, som ønsket å trenge stadig dypere inn i den kristne lære.
Marcellinus' spørsmål fikk Augustin til å skrive sine bøker «Om syndenes forlatelse», «Om ånden og bokstaven», men først og fremst «Om Treenigheten». Men denne siste boken fikk Marcellinus aldri se, for han ble henrettet før den kom ut. Augustin tilegnet tre av sine verker, inkludert en del av det 22 bind store hovedverket De civitate Dei («Om Gudsstaten»), til «min kjære Marcellinus». Noen av korrespondansen mellom de to mennene har overlevd, og Marcellinus brevvekslet også med den hellige Hieronymus.
Som keiser Honorius' representant i Afrika ble Marcellinus i 411 trukket inn i en kirkelig strid som skulle koste ham livet. Den hadde startet i Nord-Afrika hundre år tidligere, kort etter 311. Kirken hadde da fått sin frihet, og biskop Donatus protesterte mot at prester som hadde sviktet under forfølgelsene, ble gjenopptatt i Kirkens tjeneste, selv om det skjedde etter en lang og streng bot. I følge Donatus var forræderi mot Kirken en synd som aldri kunne tilgis. Bakgrunnen for denne uforsonlige holdningen var doktrinær: Donatus lærte at om Kirken var de Helliges samfunn, så kunne en synder ikke gyldig administrere sakramentene, og det gjaldt for alltid. Donatistene mente at ingen kristne som hadde begått en dødssynd etter dåpen, noensinne kunne motta kommunionen igjen.
Opp gjennom årene ble det gjort forsøk, noen ganger med de sivile myndighetene involvert, på å løse spørsmålet, men skismaet ble aldri virkelig leget, og det skulle komme til å fortsette i Nord-Afrika i enda to eller tre århundrer. På Marcellinus' tid hadde striden mellom partene nådd sitt høydepunkt. I 409 hadde keiser Honorius gitt donatistene tillatelse til offentlig gudsdyrkelse. Nå hadde også politiske overveielser kommet inn i kontroversen. Donatistene ville oppnå større selvstendighet for den afrikanske Kirken i forhold til Roma, som var pavens, men også keiserens residens. I sin fanatisme unnså donatistene seg ikke en gang for mordbranner mot katolske kirker, og i enkelte tilfeller kom det til massakre mot de Roma-tro katolikkene.
Derfor innkalte keiser Honorius til et møte i Kartago i 411, hvor 286 katolske og 279 donatistiske biskoper fra Nord-Afrika skulle føre fredssamtaler. Marcellinus og hans bror Apringius (Agrarius), som var prokonsul for Afrika, ble sendt til Kartago for å presidere over møtet. Den katolske sidens talsmann var Augustin, men heller ikke han klarte å overbevise donatistene. Marcellinus skulle i keiserens navn felle den endelige dommen, og etter å ha hørt alle argumentene, dømte han til katolikkenes fordel. Han ga donatistene ordre om å gi opp sin separate status og slutte seg til kommunion med sine motstandere. Sammen med broren Apringius satte han dette dekretet ut i livet, og det gjorde de med en så stor strenghet at Augustin irettesatte dem for det.
De rasende donatistene aksepterte ikke avgjørelsen, og de ville hevne seg. De anmeldte Marcellinus og Apringius til general Marinus, som hadde til oppdrag å knuse et opprør, og anklaget dem for korrupsjon og for å ha vært med på å sammensverge seg mot keiseren og starte oppstanden sammen med anføreren Heraclius. Ved å bestikke vitner klarte de å overbevise Marinus, som ignorerte Augustins forsøk på å redde dem, og uten nærmere granskning og etter en summarisk rettssak henrettet han Marcellinus og Apringius for forræderi den 6. april 413 i Kartago.
Men allerede året etter kom sannheten frem, og keiseren irettesatte Marinus for å ha dømt dem på feilaktige grunnlag. Både Augustin og Hieronymus skrev lovtaler over de to brødrene. Det finnes ikke noe bevis for at det utviklet seg en kult, men den lærde oratorianeren og kirkehistorikeren, den ærverdige kardinal Cesare Baronius (1538-1607), satte Marcellinus inn i Martyrologium Romanum da han reviderte det på slutten av 1500-tallet, med den begrunnelse at han døde i forsvar av den ortodokse katolske lære.
Hans minnedag er 13. september (ifølge Butler's Lives of the Saints), men dødsdagen 6. april nevnes oftest.