Motreformasjon er slett ikke noen heldig betegnelse på det som skjedde i de katolske områdene etter at de protestantiske hadde skilt seg ut, men uttrykket har fått hevd i historien. Kirkelig sett kom det endelig fart i de reformer som skulle ha kommet for lenge siden, men det skjedde slett ikke noen reformasjon (omdannelse) av Kirken. Politisk kom det til kamp mot reformasjonen i en rekke land, og innenfor Kirken til en klarere fremstilling av læren og fastere strukturer i organisasjonen. I lærespørsmålene spilte Trientkonsilet (Tridentinerkonsilet) en avgjørende rolle.
Trientkonsilet (1545–1563)
Konsilet kom sammen i fire store sesjoner i løpet av denne tidsperioden. Hovedmotivet for konsilfedrenes arbeid var katolsk besinnelse på eget trosgrunnlag, for protestantismen hadde bragt med seg forvirring og usikkerhet hos mange katolikker. Den katolske tradisjonen fikk beholde sin viktige plass i Kirken, og ble i praksis satt opp som en egen og uerstattelig åndelig hovedstrøm, ved siden av Den hellige skrift. Det var en tydelig henvisning til ensidigheten hos protestanter som hevdet prinsippet «Skriften alene». Men eller lot man være å navngi protestantiske teologer og direkte påvise feil og ensidigheter hos dem. I stedet bestrebet man seg på å gi en fyldig og dekkende katolsk behandling av alle lærespørsmål som det var oppstått tvil om. Det skapte klarhet, men indirekte også frontlinjer mot alle protestantiske oppfatninger. De mer åpne og vidtfavnende teologier som hadde oppstått i middelalderen, i en situasjon hvor Kirken som helhet hadde følt større læremessig trygghet og mangel på seriøse konkurrenter, ble nå avløst av en mer strømlinjeformet teologi med skarpe avgrensinger mot alt som kunne smake av vranglære og avvikende lærebygninger.
Lære og reformer ble i konsilet behandlet under ett, og Kirkens organisasjon ble også mer innstrammet og strømlinjeformet. Det kom forbedringer på alle plan, dyktige paver, til dels med idealistiske holdninger, slutt på misbruk og kirkelig slendrian. Det sentrale styringsorganet, kurien, ble styrket, og snart holdt den nøye oppsyn med alt som skjedde i de forskjellige katolske land. Selve institusjonen Den romersk-katolske kirke kom mer i fokus enn tidligere. Dette ble på ny begynnelsen til det evige strukturproblemet i Kirken: hvor mye sentralstyring er ønskelig, og hvor mye bør bestemmes lokalt? I første omgang var nok sentralstyringen både nødvendig og stort sett gunstig. Kort tid etter konsilet kom en klar og velordnet katekisme som bidro til en felles læreoppfatning i de katolske land. Den var kanskje mer enn noe annet skrift toneangivende for den katolske tradisjon som nå utviklet seg i den nyere tid.
Helgenenes tidsalder
Det første århundret etter Trientkonsilet blir i katolske kirkehistorier faktisk kalt for helgenenes tidsalder! Det kom mengder av dem, store personligheter som kom til å sette varig preg på Kirken, og som virkelig går inn den mektige katolske hovedtradisjonen. Alle de gamle ordenene blir fornyet – for eksempel blir betydelige mystikere som Teresa av Avila og Johannes av Korset avgjørende for karmelittordenens nye liv – og menn som Karl Borromeus og Frans av Sales skaper nye holdninger i Kirken. Ignatius av Loyola blir den helt store skikkelsen, for han kombinerer dybde som mystiker med evne til å organisere jesuitterordenen, Jesu Selskap, som snart blir det ledende ordenssamfunnet i Kirken. En ny type geistlige står her midt i det pulserende liv, er usedvanlige velutdannede og makter å gjøre seg gjeldende på mange måter i samfunnet, særlig i de høyere lag. Ignatius representerer en slags tjenende mystikk, og det er den institusjonelle Kirke han tjener. For ham er den den levende Kristus, og han føler seg bundet til Kirken som den høyeste autoritet.
Det er i høy grad nytt liv som preger den katolske tradisjon i denne tiden, og kultur og religion går klart sammen i barokken, som sprudlende og overdådig gir uttrykk for denne nye kirkelig-religiøse livsfølelsen.
Verdensmisjonen
Nytt overskudd og stor optimisme viser seg i misjonsvirksomheten på kontinentene utenfor Europa. I den gamle verden har Den katolske kirke mistet områder både i nord og øst, men tapene blir mer enn oppveiet ved de nye kirkeprovinser verden over. Her er man langt tidligere ute enn protestantene, og de godt organiserte ordenssamfunnene er tjenlige redskaper for denne virksomheten. Jesuittene, som først og fremst var en misjonsorden, gjør spennende fremstøt blant annet i India og Kina, og forsøker å innføre kristendommen der gjennom å bruke grunnlaget i landenes egen kultur. Her kunne man fått en utvidet katolsk verdenstradisjon, men dessverre strandet disse forsøkene stort sett på grunn av rivalisering mellom ordenssamfunn og usikkerhet i kurien om hvor langt man burde gå på dette området. Denne problemstillingen er like aktuell i dag som dengang, og fremdeles hersker det betydelig usikkerhet! Kirkelig tradisjon og kulturelle tradisjoner lar seg ikke automatisk smelte sammen.
Kirken i opplysningstiden
Særlig på 1700-tallet ser vi tegn på svekkelse i Kirken. Dels skyldes dette en tydelig svekkelse i det moralske og religiøse alvor i samfunnets styrende lag, men viktigst var kanskje den nye åndsretningen, opplysningen, som ville representere fornuften, mot all autoritetstro og mot kristendommens tro på en guddommelig åpenbaring. Kristendommens anseelse sank også på grunn av den evige striden mellom katolikker og protestanter. Særlig Den katolske kirke fikk store politiske problemer, for mange av de europeiske nasjonalstatene (og kanskje særlig de utpreget katolske) ønsket ikke noen sentralstyring fra Roma, og ville styre sitt kirkeliv selv. Her fikk man støtte fra retninger innenfor Kirken som ønsket større nasjonalt selvstyre (gallikanisme i Frankrike, febronianisme i Tyskland).
Jesuitterordenen ble sett på som en hovedmotstander på alle disse feltene, og det gikk til sist så langt at paven ble tvunget til å oppløse ordenen i 1773 (den ble gjenopprettet i 1814, etter Napoleons fall). Vi ser altså at nye liberalistiske åndsretninger går løs på institusjonen Kirke, og undergraver mye av innholdet i de forskjellige katolske særtradisjoner i de europeiske land. Disse tradisjonene hadde på mange måter fremdeles tilknytning til tanker og maktposisjoner som opprinnelig hørte til middelalderens føydalsamfunn. Under Den franske revolusjon og Napoleons maktperiode (tiden mellom 1789 og 1814) mistet Kirken mye av sitt gods og sin maktstilling i ledende land som Frankrike og Tyskland. Napoleon erobret Kirkestaten og holdt i en periode pave Pius 7. i fangenskap.
Nå så det ut til at Kirken var blitt alvorlig svekket: en fattig Kirke uten noe åndsmonopol og uten materielle maktposisjoner. Men 1800-tallet hadde overraskelser i vente.
Katolsk oppblomstring på 1800-tallet
Politisk var første del av århundret preget av de eneveldige fyrsters reaksjon på forholdene i revolusjonstiden. Nå ønsket de å støtte Kirken, som de så på som en garanti for orden og sunne verdier i samfunnet, men samtidig hadde de jo sine nasjonale preferanser, slik at paven og Roma ikke var like populære som de lokale kirker. Men Kirken fikk tilbake sin gamle innflytelse i blant annet undervisningsvesenet, og dette skapte grunnlaget for ny oppblomstring i kirkelivet. Interessen for middelalderen og romantikken som ledende åndsretning hjalp Kirken på mange måter. Nå så man hvor viktig selve den katolske hovedtradisjonen var. Den hadde overlevd angrepene fra de ytterliggående liberale og andre fiender, og ble igjen styrket i folks bevissthet. Kristen tro gjennomsyret de bredere lag av folket og skapte ny og uventet vekst.
Det oppstod mange nye sammenslutninger (kongregasjoner) av prester og ordenssøstre. De utmerket seg særlig innenfor undervisning og karitativt arbeid, både innenfor det nye sykehusvesenet som grodde frem og innenfor en rekke felter på det sosiale området. Misjonen ble mektig hjulpet av alle disse «profesjonelle katolikker» som sørget for at Kirken i høy grad ble en del av samfunnslivet. En praktisk form for aktiv kristendom var 1800-tallets største gave innenfor den store katolske tradisjon.