Pelagius het opprinnelig Morgan, men ble kjent under kjælenavnet Pelagius («havets mann»). Han ble født rundt 354, men stedet er omdiskutert. De mest pålitelige vitnene hevder eksplisitt at han kom fra Britannia, noe tilnavnet Brito eller Britannicus viser. Disse vitnene er den hellige Augustin av Hippo (Ep. 186,1), Orosius (Apol. c. Pel. 12,3), Prosper og Marius Mercator (Common. 1). Mange mener at han kom fra Wales, at han het «ap Morgan» og at navnet kommer fra det latinske Mare (= hav).
Den hellige Hieronymus latterliggjør ham som «skotte» (det betydde på den tiden «fra Irland») og «full av skotsk grøt». Han var ifølge Hieronymus stor og fet (grandis et corpulentis). Han var høyt utdannet, snakket både latin og gresk og hadde gode teologiske kunnskaper. Han var munk, men ikke presteviet, for både Orosius og den hellige pave Zosimus (417-18) kaller ham ganske enkelt «legmann».
Vi vet svært lite om hans liv før han kom til Roma rundt år 400. Der opparbeidet han seg berømmelse som en åndelig veileder og hadde ry for askese. Augustin kaller ham til og med en hellig mann (vir sanctus). Han samlet en slags kommunitet rundt seg og førte en oppbyggelig korrespondanse med den hellige Paulinus av Nola og andre prominente biskoper, noe han senere brukte til sitt personlige forsvar. Han reagerte sterkt mot den løse moralen i det romerske samfunnet som sto i sterk motstrid til Evangeliets bud.
I Roma knyttet han vennskap med advokaten Celestius, som satte seg fore å omsette de praktiske levereglene han hadde lært av Pelagius til teoretiske prinsipper. I 404/05 skrev Pelagius sin kommentar til Paulusbrevene. Der forfektet han teologiske synspunkter om Adams synd, dåpen, menneskenes frihet og Kristi nåde som støtte på heftig motstand og senere ble fordømt som heretisk. Han benektet arvesynden og hevdet at Adam hadde en naturlig rett til det overnaturlige liv, og at mennesket kunne oppnå frelsen i kraft av sin frie vilje og sine naturlige evner. Dermed blir nåden overflødig. Pelagius var bekymret for en den åpenbare infiltrasjonen av manikeisk pessimisme i Kirken.
Etter at Alarik hadde plyndret Roma i 410, dro Pelagius og Celestius i 411 til Nord-Afrika. Da de gikk i land nær Hippo, var ikke Augustin der – han var travelt opptatt med å bekjempe det donatistiske kjetteri i Afrika. Senere møtte han Pelagius flere ganger i Kartago, men uten å komme i nærmere kontakt med ham.
Etter et kort opphold i Nord-Afrika dro Pelagius videre til Palestina, mens Celestius prøvde å bli presteviet i Kartago. Dette ble forpurret av diakonen Paulinus av Milano, som ga biskop Aurelius et notat hvor seks av Celestius' teser – kanskje fra hans tapte verk Contra traducem peccati – ble stemplet som kjetterske. På grunn av disse tesene måtte han møte for en synode i Kartago i 411. Da han nektet å trekke dem tilbake, ble tesene fordømt og han utelukket fra ordinasjon. Han dro da til Efesos, hvor han ble presteviet.
Pelagius' lære fikk snart keiserriket i opprør. Denne læren, som gikk mot grunnleggende kristne sannheter, møtte naturligvis sterk opposisjon. Spesielt angrep Augustin den, og i 412 skrev han sine berømte arbeider De peccatorum meritis et remissione libri III og De spiritu et litera. Der etablerte han positivt eksistensen av arvesynd, nødvendigheten av barnedåp, umuligheten av et liv uten synd og nødvendigheten av indre nåde (spiritus) i motsetning til den ytre nåde i loven (litera).
Da det i 414 kom urovekkende rykter fra Sicilia og han fikk tilsendt de såkalte Definitiones Celestii, som ble sagt å være et verk av Celestius, skrev han straks De perfectione iustitiae hominis, hvor han igjen knuste illusjonen av at det var mulig med fullstendig frihet fra synd. Av nestekjærlighet og for å vinne tilbake de villfarne mer effektivt, nevnte Augustin aldri de to opphavsmennene til kjetteriet ved navn.
Imens lå Pelagius ikke på latsiden i Palestina. Han skrev et brev til den romerske adelige jomfruen Demetrias, som hadde flyktet fra Alarik til Kartago. Dette brevet er bevart som kanskje det eneste av Pelagius' skrifter, og Augustin fant innholdet så skremmende at han skrev til Demetrias' mor for å advare mot det. I 415 ga Pelagius også ut avhandlingen «Om Naturen» (De natura), som nå er gått tapt. Der forsøkte han å bevise sin lære på bakgrunn av autoriteter. Han viste ikke bare til skriftene av de hellige Hilarius og Ambrosius, men også til de tidligere verkene til Hieronymus og Augustin, som fortsatt var i live. Augustin svarte straks (415) med sin avhandling De natura et gratia. Hieronymus var personlig blitt forklart farene ved det nye kjetteriet av Orosius, spansk prest og Augustins disippel, og svarte med sin Dialogus contra Pelagianos. Orosius anklaget Pelagius for kjetteri i Jerusalem.
Biskop Johannes av Jerusalem «elsket Pelagius høyt» (Augustin) og hadde ham tre ganger som sin gjest. I juli 415 innkalte han en bispedømmesynode for å undersøke anklagen mot Pelagius. Dette ble vanskeliggjort av at anklageren, Orosius, ikke kunne gresk og hadde engasjert en dårlig tolk, mens Pelagius var fullt i stand til å forsvare seg på gresk og fremholde sin ortodoksi. Det endte med at de stridende partene gikk med på å overlate dommen til latinerne, siden både Pelagius og hans motstandere var latinere, og å be den hellige pave Innocent I (401-17) om å avgjøre spørsmålet.
Men de galliske biskopene Heros av Arles og Lasarus av Aix, som hadde trukket seg fra sine bispeseter og reist til Palestina, brakte saken for biskop Eulogius av Caesarea, med det resultat at han innkalte Pelagius til en synode av fjorten biskoper i Diospolis (Lydda i Palestina) i desember 415. Vi kjenner detaljene fra Augustins De gestis Pelagii av 417, skrevet på basis av synodens akter. Pelagius møtte for synoden, men det gjorde ikke biskopene Heros og Lasarus, en av dem forhindret av dårlig helse. Og ettersom Orosius, forfulgt av biskop Johannes av Jerusalem, også hadde reist, møtte Pelagius ingen personlig anklager.
Pelagius klarte å bortforklare de ulike anklagene og forsvarte seg dyktig. Det endte med at synoden rehabiliterte Pelagius og erklærte ham verdig til kommunion med kirken. Men sommeren 416 gjentok to afrikanske synoder fordømmelsen av Pelagius' lære. Den ene ble holdt i Kartago, mens den andre var innkalt av Augustin til Mileve. Begge synodene ba paven ærbødig om å slutte den apostoliske stols fordømmelse til sin egen. Augustin og fire andre biskoper skrev også til pave Innocent og la ved en kopi av Pelagius' avhandling «Om Naturen».
Mens pave Innocent taktfullt hevdet usikkerhet om hva som hadde hendt i Diospolis, fordømte han i tre brev datert 27. januar 417 det kjetterske synet på nåden, og erklærte Pelagius ekskommunisert. Augustin frydet seg over at to konsiler hadde sendt sine avgjørelser til Den hellige Stol for endelig avgjørelse, og uttalte da de ofte siterte ordene: Roma locuta, causa finita est. («Roma har talt; saken er avsluttet.») Utsagnet var nok ikke så generelt ment som det siden ble tolket.
Pave Innocent I døde den 12. mars 417, og den greskfødte Zosimus ble ny pave. Han gjorde forsøk på å rehabilitere Pelagius, men på en synode i Kartago den 1. mai 418 formulerte 214 biskoper åtte eller ni artikler om arvesynden og nåden og sendte dem til Roma. Zosimus var tvunget til å slå retrett. Han godkjente beslutningene i Kartago, og Pelagius var igjen fordømt.
Artiklene fra dette berømte konsilet i Kartago kan oppsummeres slik:
1. Døden kom ikke til Adam som en fysisk nødvendighet, men gjennom synd.
2. Nyfødte barn må døpes på grunn av arvesynden.
3. Rettferdiggjørende nåde gir ikke bare hjelp til tilgivelse for tidligere synder, men gir også hjelp til å unngå fremtidige synder.
4. Kristi nåde avslører ikke bare kunnskapen om Guds bud, men gir også styrke til å ville og utføre dem.
5. Uten Guds nåde er det ikke bare vanskeligere, men absolutt umulig å utføre gode gjerninger.
6. Ikke av ydmykhet, men i tillit må vi bekjenne at vi er syndere.
7. De hellige refererer til bønnen «Forlat oss vår skyld» i Fadervår, ikke bare til andre, men også til seg selv.
8. De hellige uttaler den samme bønnen ikke av ren ydmykhet, med av sannferdighet.
Noen manuskripter inneholder en niende artikkel:
9. Barn som dør udøpte, går ikke til et «mellomsted» (medius locus), siden manglende dåp ekskluderer både fra «himlenes rike» og fra «evig liv».
Disse artiklene (bortsett fra den siste) ble senere bindende trosartikler i Universalkirken og ga dødsstøtet til pelagianismen.
Imens hadde afrikanerne appellert til vestkeiser Honorius (393-423) i Ravenna, og de fikk fra ham en forordning av 30. april 418 som fordømte Pelagius og hans tilhengere som heretikere og fredsforstyrrere. Paven hadde ikke annet valg enn å føye seg, og adressert til biskopene i øst og vest skrev han et lengre dokument kjent som hans Epistola Tractoria (eller bare Tractoria), hvor han i motsetning til sitt tidligere standpunkt fordømte pelagianernes lære. Denne epistelen kan rangeres på linje med de store moderne encyklikaer.
Pelagius døde et sted i østen rundt 418, muligens i et kloster i Egypt, selv om noen kilder sier at han levde tyve år lenger.
Den hellige pave Celestin I (422-32) lyktes i å få lederne for pelagianismen utvist fra vesten, og i 429 sendte han en delegasjon ledet av de hellige Germanus av Auxerre og Lupus av Troyes til Britannia for å utrydde kjetteriet der i grunnleggerens hjemland.
En mildere form for Pelagius' kjetteri dukket opp i Gallia. Det er kjent som semi-pelagianismen, og hevdet at mennesket med sin frie vilje selv kan ta det første initiativet til å motta (den for øvrig nødvendige) nåde. I 431 skrev pave Celestin I til biskopene i Sør-Gallia for å bekjempe denne læren.
Luthers sterke betoning av Guds nåde som det eneste middel til frelse var, slik han og reformatorene så det, et oppgjør med det de oppfattet som Den katolske kirkes pelagianisme.