Samvittigheten, stemmen som sier oss at noe er riktig og noe er galt, er gitt oss av Gud. Vi er forpliktet overfor Gud til å følge samvittigheten.
Gud gir ikke samvittigheten informasjon om hva som er riktig og galt. Vår samvittighet er påvirket av miljø og oppdragelse, reklame og propaganda. Kirken oppfordrer de troende til «å forme sin samvittighet», det vil si å tilegne seg hva åpenbaringen og teologien sier om moralske spørsmål. Når man har formet sin samvittighet, må man gjøre som den sier, under ansvar overfor Gud. Man kan ikke henvise til overordnedes samvittighet eller til biskopens samvittighet. Man er forpliktet til å følge sin egen personlige samvittighet.
Hvis samvittigheten fører til konflikt med Kirkens lære eller kirkerett, skal man følge sin samvittighet, og om nødvendig forlate Kirken. Dette er Kirkens egen lære. Samvittigheten forplikter, selv når den tar feil.
De som ikke kjenner Kristus, skal på den ytterste dag også dømmes etter om de har fulgt sin samvittighet. Har de vært trofaste mot det lyset de har mottatt, håper vi at Gud vil si til dem: «Alt hva dere har gjort mot selv den ringeste av mine brødre, det har dere gjort mot meg» (Matt 25,40).
«Hvis samvittigheten er den høyeste moralske dommer, da er jeg fordømt, for jeg har alltid dårlig samvittighet.» Et slikt utsagn bygger på en misforståelse. På norsk betyr «dårlig samvittighet» nærmest å føle seg skyldig. Man kan føle seg skyldig uten grunn i ting man ikke er herre over, eller ikke lenger er herre over.
Forpliktelsen til å følge sin samvittighet gjelder bare valg som er underlagt vår frihet.
For at man skal kunne følge samvittigheten, må det herske religionsfrihet: «Dette Vatikankonsil erklærer at mennesket har rett til religionsfrihet. Denne frihet består i dette, at alle skal vare fri for tvang både fra enkeltmenneskers, sosiale gruppers og en hvilken som helst menneskelig makts side, slik at ingen på det religiøse område tvinges til å handle mot sin samvittighet – eller hindres i å gjøre noe som samvittigheten tilsier, privat eller offentlig, alene eller i fellesskap, men innenfor gitte grenser. Konsilet erklærer videre at retten til religionsfrihet er basert på selve menneskeverdet slik dette er tilkjennegitt i Guds åpenbarte ord og ved fornuften. Denne menneskerett til religionsfrihet bør erkjennes i samfunnslovene, slik at den blir juridisk fastlagt» (Vatikan II: Erklæringen Dignitatis humanae om religionsfrihet, 2).